Sejak tahun 2016 INOVASI bekerja sama dengan sejumlah lembaga non- pemerintah di Indonesia melalui program kemitraan dan hibah. Melalui program kemitraan ini, INOVASI dapat menjangkau lebih banyak sekolah dan anak. Selama ini, sebanyak 40 kemitraan telah terjalin dan memberikan kontribusi terhadap peningkatan kualitas pembelajaran siswa.
Lembaga- lembaga tersebut meliputi lembaga swadaya masyarkat (LSM), lembaga pendidikan tenaga kependidikan (LPTK), dan organisasi masyarakat yang memiliki program terfokus kepada pendidikan. Kemitraan strategis ini hadir sebagai wujud dukungan kepada Pemerintah Indonesia dalam mempercepat proses transformasi pendidikan di Indonesia. Program-program yang dilaksanakan memiliki tujuan meningkatkan kualitas pembelajaran siswa sekolah madrasah dan madrasah ibtidaiyah, khususnya dalam pembelajaran literasi, numerasi, pendidikan karakter, serta kesetaraan gender, disabilitas dan inklusi sosial (Gender Equality, Disability, and Social Inclusion – GEDSI). Pelaksanaannya sendiri berlangsung di berbagai kabupaten dan kota mitra INOVASI, yaitu di Provinsi Nusa Tenggara Barat, Nusa Tenggara Timur, Kalimantan Utara, dan Jawa Timur. Melalui proses kemitraan, INOVASI telah memberikan penguatan kepada lembaga mitra terkait pengelolaan program yang akuntabel, dan monitoring dan evaluasi program.
Seiring berakhirnya implementasi program INOVASI fase II di penghujung tahun 2023, upaya keberlanjutan program diharapkan dapat dilakukan oleh lembaga–lembaga mitra, guna meneruskan upaya peningkatan kualitas pendidikan dasar di Indonesia. Kami percaya bahwa kerjasama dengan banyak pihak bisa membawa suatu perubahan, sesuai tujuan besar kita, yaitu meningkatkan kualitas proses pembelajaran, yang pada akhirnya akan membantu anak-anak Indonesia meraih hasil pembelajaran yang lebih baik.
